امام خمینی(ره) در همان روز شهادت حاج آقا مصطفی (ره) پس از نماز ظهر و عصر از مسجد ترک ها خارج شد و برای روحیه بخشیدن و عرض تسلیت به خانواده ونزدیکان حاج آقا مصطفی دور امام حلقه زدند و گریه و زاری و بی تابی کردند. امام به مادر و همسر شهید گفت:این امانتی بود که خداوند به شما داد و حال امانت خود را پس گرفت . شما صبر کنید و صبرتان هم برای خدا باشد.(*) گویا این کلمات امام آبی بود که بر روی آتش فراق آن عزیز پاشیده می شد، زیرا یاد خدا ، آرام بخش دل های آنان بود.(*) راز طوفان ص 359
از ساعت 8 صبح روز شهادت حاج آقا مصطفی در بیت امام باز بود و علما و فضلا، روحانیون و دیگران برای تسلیت گویی نزد ایشانمی رفتند. آن روز بیت امام خمینی محل رفت و آمد فراوان بود و هر کس وارد خانه می شد بی اختیار اشک می ریخت، ولی امام همچون کوهی استوار بود و آثار شکست و غم و اندوه در چهره اش آشکار نبود. یکی از روضه خوان ها گفت:این حالت امام بسیار خطرناک است، باید کاری کرد که ایشان گریه کند. اگر اجازه بدهید من روضه بخوانم تا امام را وادار به گریه کنیم...هر گاه برای یکی از امامان معصوم علیهم السلام روضه ای خوانده میشد، امام خمینی (ره) بی اختیار اشک می ریخت . او شروع به روضه خواندن کرد. این بار نیز که به مناسبت، روضه علی اکبر امام حسین (ع) خوانده شد، امام در حالیکه به زمین نگاه می کرد ، قطره های اشک آرام آرام از گوشه چشمانش جاری شد.
حاج آقا مصطفی چند ماه پیش از شهادتش، یک بار خوابی دید بدین مضمون که شتری آمد و در خانه امام خمینی (ره) روی زمین نشست و پس از مدت کوتاهی برخواست و به سوی خانه ایشان رفت. با توجه به این که به وی خبر رسیده بود افرادی از طرف ساواک برای ترور امام و حاج آقا مصطفی، از ایران به عراق آمده اند ، او خوابش را چنین تعبیر کرد که این شتر علامت مرگ بوده و به خواست خدا از خانه امام دور شده است.راز توفان ص 351
پس از دستگیری امام خمینی (ره) در 15 خرداد 1342 رژیم شاه چنین می پنداشت که نهضت اسلامی رو به آرامی و سکوت خواهد گذاشت و خروش مردم در گذران زمان خاموش خواهد شد ، ولی حاج آقا مصطفی با گرد آوردن مردم ، فشار افکار عمومی برای آزادی امام خمینی (ره) را روز به روز بیشتر کرد و در نهایت اسباب آزادی امام (ره) را فراهم آورد.مرحوم حاج سید احمد خمینی درباره نقش شهید حاج مصطفی خمینی در قیام مردمی 15 خرداد و پیش از آن چنین گفته است:« در آغاز مبارزات بسیاری از مسئولیت های پخش اعلامیه و رساندن اخبار به امام (ره) و گرفتن اعلامیه ها و تشکل دوستان از سراسر کشور و به طور کلی مسایل حساس مبارزه به دست ایشان (شهید سید مصطفی خمینی رحمه الله علیه) انجاممی گرفت همیشه سعی می کرد که واقعیت را به امام (ره) برساند که امام (ره) در فرصت مناسب تصمیمات لازم را در زمینه های مختلف اتخاذ فرمایند. در واقعه تاریخی 15 خرداد ایشان به صحن مطهر رفته و در آنجا سخنرانی می کنند که آن سخنرانیباعث اجتماع زیاد مردم و در نتیجه بروز حوادث بعد از آن می گردد و در هنگامی که امام را از زندان به خانه محصوری در تهران منتقل کردند، من به اتفاق ایشان به تهران آمده و خدمت امام (ر) رسیدم که شهید حاج آقا مصطفی (ره) در اولین برخورد سوال کردند که حالا تکلیف چیست؟ و ما باید از همین امروز شروع کنیم که مردم دلسرد نشوند و فکر نکنند که قضیه تمام شده است.»
حاج آقا مصطفی در زمان تصویب لایحه انجمن های ایالتی و ولایتی در سال 1341 ه. ش در عتبات عالیات بود ، ولی از ابتدای سال 1342 و حمله ددمنشانه رژیم ستمشاهی پهلوی به مدرسه مبارکه فیضیه ( دوم فروردین 42؛ برابر با سالروز شهادت امام صادق علیه السلام) حاج آقا مصطفی همانن یک سرباز مطیع و فداکاردر خدمت به نهضت اسلامی و رهبر ان ، کمر همت بست و از آن پس مردم را به مبارزه علیه شاه فراخواند. حضور پیوسته و فعال حاج آقا مصطفی از آغاز نهضت در کنار پدر بزرگوارش، باعث شده بود تا فولاد وجودش آبدیده شود و از اوایل مبارزات عمومی و آشکار علیه رژیم پهلوی، معنای ژرف این مبارزه را درک کند و خود یکی از رهبران این حماسه ها شود.او حکومت شاه را غیر شرعی و غیر قانونی می دانست و با طرفداران کودتای 28 مرداد سخت برخورد می کرد.