پس از دستگیری امام خمینی (ره) در 15 خرداد 1342 رژیم شاه چنین می پنداشت که نهضت اسلامی رو به آرامی و سکوت خواهد گذاشت و خروش مردم در گذران زمان خاموش خواهد شد ، ولی حاج آقا مصطفی با گرد آوردن مردم ، فشار افکار عمومی برای آزادی امام خمینی (ره) را روز به روز بیشتر کرد و در نهایت اسباب آزادی امام (ره) را فراهم آورد.مرحوم حاج سید احمد خمینی درباره نقش شهید حاج مصطفی خمینی در قیام مردمی 15 خرداد و پیش از آن چنین گفته است:« در آغاز مبارزات بسیاری از مسئولیت های پخش اعلامیه و رساندن اخبار به امام (ره) و گرفتن اعلامیه ها و تشکل دوستان از سراسر کشور و به طور کلی مسایل حساس مبارزه به دست ایشان (شهید سید مصطفی خمینی رحمه الله علیه) انجاممی گرفت همیشه سعی می کرد که واقعیت را به امام (ره) برساند که امام (ره) در فرصت مناسب تصمیمات لازم را در زمینه های مختلف اتخاذ فرمایند. در واقعه تاریخی 15 خرداد ایشان به صحن مطهر رفته و در آنجا سخنرانی می کنند که آن سخنرانیباعث اجتماع زیاد مردم و در نتیجه بروز حوادث بعد از آن می گردد و در هنگامی که امام را از زندان به خانه محصوری در تهران منتقل کردند، من به اتفاق ایشان به تهران آمده و خدمت امام (ر) رسیدم که شهید حاج آقا مصطفی (ره) در اولین برخورد سوال کردند که حالا تکلیف چیست؟ و ما باید از همین امروز شروع کنیم که مردم دلسرد نشوند و فکر نکنند که قضیه تمام شده است.»